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Gastbeitrag von Dr. Lars Malmström, S3IT, Computational Biology, UZH
In verschiedenen Bereichen, einschließlich der Biowissenschaften, verändern sich die wissenschaftlichen Untersuchungen durch die Verbreitung digitaler Geräte und Sensoren, die große Datenmengen produzieren. Daher wird es immer wichtiger, die wissenschaftlichen Daten aktiv zu verwalten und den Prozess zu dokumentieren, in dem die Daten erfasst und analysiert wurden. Open Science-Initiativen verlangen außerdem, dass Wissenschaftler ihre Daten nach der Veröffentlichung anderen zur Verfügung stellen. Diese Aufgaben können schnell zu einem unnötigen Zeitverlust für beschäftigte Forscher werden.
openBIS ist ein von der ETH Zürich entwickeltes kostenloses und quelloffenes Datenverwaltungstool, das den gesamten Datenlebenszyklus von der Projektaufnahme über die Datenproduktion und -analyse bis hin zur Bereitstellung der Daten für die Öffentlichkeit unterstützt.
Das elektronische Labor-Notebook openBIS, ELN, ist eine relativ neue Ergänzung und kann papierbasierte Labor-Notebooks ersetzen. Über eine Webschnittstelle erleichtert das ELN die Erfassung des Probenvorbereitungsprozesses, die Verfolgung von Reagenzien und Protokollen und, was wichtig ist, die explizite Verknüpfung der Protokolle, Reagenzien und Proben. Weitere Informationen finden Sie in der Demo-Instanz openBIS ELN und den Tutorials.
Weiterführende Literatur:
Bauch, A., Adamczyk, I., Buczek, P. et al. openBIS: a flexible framework for managing and analyzing complex data in biology research. BMC Bioinformatics12, 468 (2011)
Barillari C,, Ottoz D, Fuentes-Serna, J. et al. openBIS ELN-LIMS: an open-source database for academic laboratories. Bioinformatics, Volume 32, Issue 4, 15 February 2016, Pages 638–640